在我休产假的时候，现在生育津贴下来了，公司

公司扣除个人缴纳社会保险部分后发放生育津贴，合理。依据《女职工劳动保护特别规定》，生育津贴由社保局发放，公司无需另行支付工资。但若公司缴纳的生育保险费基数低于女职工平均工资，需补足差额。不及时补足，将影响女职工权益。
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常见处理方式为：若公司缴纳社保，则无需支付工资，只需申请生育津贴；若未缴纳社保或生育津贴低于工资，公司应补足差额。选择处理方式时，应根据公司是否缴纳社保及生育津贴与工资的比较来确定，确保女职工权益不受损。
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公司处理合理。具体操作：1.若公司缴纳社保，生育津贴下来后，扣除社保个人缴纳部分，将剩余生育津贴发放给女职工；2.若未缴纳社保，或生育津贴低于工资，公司需按正常出勤发放工资，并补足生育津贴与工资的差额。